1964, St. Nicholas in der Bronx. Ein lebensbejahender, charismatischer Priester, Pater Flynn, versucht, die strengen Sitten der Schule auf den Kopf zu stellen, die lange Zeit von Schwester Aloysius Beauvier grimmig gehütet wurden - der mit eiserner Faust herrschenden Direktorin, die an die Macht von Furcht und Disziplin glaubt. Doch der Wind des politischen Wandels weht durch die Gemeinde und so nimmt die Schule sogar ihren ersten schwarzen Schüler, Donald Miller, auf. Aber dann berichtet die hoffnungsvoll-naive Schwester James ihrer Direktorin, dass Pater Flynn dem kleinen Donald zu viel private Aufmerksamkeit widmet. Schwester Aloysius startet sofort einen Kreuzzug, um die Wahrheit herauszufinden und Flynn von der Schule zu vertreiben. Ohne jeglichen Beweis und nur mit ihrer moralischen Sicherheit gewappnet, verstrickt sie sich mit Pater Flynn in einen Glaubenskampf, der die Institutionen von Kirche und Schule zu zerreißen droht - mit verheerenden Konsequenzen.