Katherine Cooper, die stellvertretende Direktorin von Homeland Security, erteilt Team Scorpion einen neuen Auftrag. Es handelt sich um einen geheimen U-Boot-Einsatz, bei dem Walter, Cabe und Happy keinen Kontakt zum Rest ihrer Truppe haben dürfen. Als sich Walter in ein fremdes System hackt, glaubt er, in eine Falle zu tappen und drängt, die Mission abzubrechen. Noch während der Fähnrich überlegt, ob er den Kapitän informieren soll, kommt es zu einer Explosion an Bord …