Der spannende Film um den jugendlichen Helden Ben knüpft zeitlich an das Finale der "Ben 10 - Alien Force"-Serie an. Wieder müssen Ben, Gwen und Kevin mit Hilfe ihrer neuen Freundin Elena die Erde vor einem perfiden Plan außerirdischer Eindringlinge retten: Ein Schwarm von winzigen Nanochips infiltriert den Planeten und droht die Kontrolle über die Menschheit zu übernehmen.