Nach seiner Ankunft in Saffronia City muss Rot feststellen, dass Team Rocket überall seine Finger im Spiel hat. Als er eine Angestellte der Silph Co . rettet, erfährt er, dass Team Rocket die Firma unter seine Kontrolle gebracht hat, um sich die Produktion der Meisterbälle zu sichern, denn bei diesen handelt es sich um die stärksten Pokébälle der Welt. Die größte Überraschung steht Rot jedoch noch bevor, und zwar in Vertania City!