Die Ninjas führen ein ruhiges und friedliches Leben, da es offenbar keine Bösewichte mehr gibt. In Senseis Schule unterrichten sie ihre Schüler, bis sich herausstellt, dass das Ultraböse noch nicht besiegt ist. Daher erteilt Cyrus Borg den Ninjas die Aufgabe, Lloyd - den goldenen Ninja - zu beschützen. Doch das ist leichter gesagt als getan, denn zunächst müssen sie gegen zahlreiche Nindroiden kämpfen. Währenddessen halten sich Sensei Garmadon und Lloyd versteckt.