Fünfzig Jahre sind vergangen, seit wir Samurai Jack das letzte Mal gesehen haben, und die Zeit hat es nicht gut gemeint mit ihm. Aku hat jedes Zeitportal zerstört, während Jack als Nebenwirkung des Zeitzaubers nicht mehr altert. Fast scheint es, als wäre Jack dazu verdammt, auf ewig durch die Lande zu ziehen, ohne jegliche Hoffnung, jemals wieder in seine frühere Zeit zurückzukehren.